O Conselho de Alunos, mais conhecido como CA, se renova anualmente e é formado pelos representantes de turma a partir do 5º ano até o Ensino Médio. O grupo representa os estudantes em diferentes instâncias do Colégio e tem o compromisso de dar voz aos interesses, às sugestões e/ou reivindicações dos estudantes por meio de reuniões mensais com a Direção, orientadoras educacionais, psicólogas escolares e participantes do Grêmio Estudantil. Um dos espaços mais queridos do João XXIII, o Campão, surgiu a partir de mobilizações dos estudantes. Ações solidárias como doações para instituições carentes e projetos ambientais também fazem parte das atividades do grupo.
No Estatuto da Fundação Educacional João XXIII, é assegurado, ao Conselho de Alunos, uma vaga na composição do Conselho Deliberante.
6º ano do Ensino Fundamental
6A
6C
6E
6G
7º ano do Ensino Fundamental
7C
7E
8º ano do Ensino Fundamental
8A
8C
8E
9º ano do Ensino Fundamental
9A
9C
9E
1ª série do Ensino Médio
1A
1C
2ª série do Ensino Médio
2A
2E
3ª série do Ensino Médio
3A
3C
3E
