Exatamente no dia em que seria decretado o Golpe Militar – 31 de março – o João foi concebido, nascendo cinco meses depois, em 23 de agosto. Fundado pelo grupo de educadores encabeçado por Zilah Totta – defensora da educação libertadora e demitida do cargo de secretária de Educação porque afirmava não tolerar interferências retrógadas de superiores – a Escola, desde o seu primeiro dia de vida, transgrediu a matriz educacional imposta pelos generais. Ao lado de Zilah estavam Frederico Lamachia Filho – colega de Zilah na Secretaria, que demitiu-se em solidariedade à amiga; Lilia Rodrigues – na época diretora do Pio XII; e Leda de Freitas Falcão – professora de música, assessora de Lilia e compositora da canção do João XXIII.

O Colégio se tornou realidade mesmo em tempos sombrios, de ditadura e da Reforma do Ensino, no antigo casarão da família Lamachia situado na avenida João Pessoa. Para fundar a Escola, os quatro educadores aproveitaram uma brecha aberta pelo Ministério da Educação, que estimulava a criação de classes experimentais. Era uma proposta audaciosa, guiada por Jean Piaget, Paulo Freire, Carl Rogers e Hilda Taba, esta última defensora das relações democráticas dentro das instituições e de um currículo educacional capaz de ensinar os alunos a pensar em vez de inocular conceitos, dados e fatos.

Assim, os conteúdos pedagógicos do Colégio não têm um fim em si mesmos, mas são vistos como um meio para desenvolver formas próprias de pensar e sentir, ser e conviver, constituindo-se em um instrumento para a compreensão da realidade.

O Concílio Vaticano II – encíclica “Mater et Magister” – teve forte influência na construção da proposta, a ponto de a Escola recém nascida ser batizada com o nome de seu autor, o Papa João XXIII.

A despeito da homenagem, o João sempre foi laico, reconhecendo e acolhendo a pluralidade das crenças e escolhas religiosas.