O Planejamento Estratégico do Colégio João XXIII, desenvolvido em 2018, envolveu toda comunidade escolar em torno da ideia de aprimorar o Colégio em todos os sentidos e acabou tomando a feição de um fórum de diversidade, reunindo saberes, opiniões, consultas, pesquisas, propostas, debates e discussões. Foi desta forma que os Comitês foram concebidos. Eles são constituídos por grupos mistos de famílias, professores, profissionais e estudantes.
Atualmente, o João XXIII tem os seguintes Comitês/Comissões:
- Comissão Antirracista
- Comitê de Infraestrutura
- Comitê de Captação, Comunicação e Fidelização
- Comissão Permanente de Filantropia
- Comitê de Crises Climáticas (em estruturação)
- Comissão João Inclusivo (em estruturação)
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