O Planejamento Estratégico do Colégio João XXIII, desenvolvido em 2018, envolveu toda comunidade escolar em torno da ideia de aprimorar o Colégio em todos os sentidos e acabou tomando a feição de um fórum de diversidade, reunindo saberes, opiniões, consultas, pesquisas, propostas, debates e discussões. Foi desta forma que os Comitês foram concebidos. Eles são constituídos por grupos mistos de famílias, professores, profissionais e estudantes.
Atualmente, o João XXIII tem os seguintes Comitês: Filantropia, Captação, Fidelização e Comunicação, Infraestrutura, Outras Fontes e Custos, Socioambiental e Governança e a Comissão para Temas Antirracistas.