O Conselho de Alunos, mais conhecido como CA, se renova anualmente e é formado pelos representantes de turma do 6º ano ao Ensino Médio. O grupo representa os estudantes em diferentes instâncias do Colégio e tem o compromisso de dar voz aos interesses, às sugestões e/ou reivindicações dos estudantes por meio de reuniões mensais com a Direção, orientadoras educacionais, psicólogas escolares e participantes do Grêmio Estudantil do João (GEJ). Um dos espaços mais queridos do João XXIII, o Campão, surgiu a partir de mobilizações dos estudantes. Ações solidárias como doações para instituições carentes e projetos ambientais também fazem parte das atividades do grupo.
No Estatuto da Fundação Educacional João XXIII, é assegurado, ao Conselho de Alunos, uma vaga na composição do Conselho Deliberante.
6º ano do Ensino Fundamental
Turma 6A – JOÃO VICENTE GOSSENHEIMER ABDALA e JOAQUIM BRUSQUE DA SILVA MOREIRA
Turma 6C – BEATRIZ SCHIFFNER FURTADO e LORENZO RUSCHEL VITOLA
Turma 6E – AURORA ALANO DOS SANTOS e BERNARDO MARTINS MANO
Turma 6G – ALICE CASTILHOS SANTOS e JULIA BARROS BLOSS
7º ano do Ensino Fundamental
Turma 7A – HELENA MARTINS SILVEIRA e JOAQUIM BARCELLOS PESAVENTO
Turma 7C – CAETANO GIACOBONE ALT e PEDRO PIRES FREIRE
Turma 7E – RAFAELA REGINA BENCKE SIRANGELO e MARIA VALENTINA MARQUES GOMES TICCA
8º ano do Ensino Fundamental
Turma 8A – SOFIA DALIBOR CORSETTI e MARINA LIMA SANTOS
Turma 8C – CAETANO BARBOSA VILANOVA e LUCAS GONZALEZ DE FREITAS
Turma 8E – CAIO SIRANGELO JUNG e PEDRO HENRIQUE BARRETO GONZALEZ
9º ano do Ensino Fundamental
Turma 9A – DAVI LUCAS BORGES SALVADIGO e ANTÔNIA CENTURIÃO PRADO NOGUEIRA
Turma 9C – LORENZO TORRES SETTIN e FERNANDO DE ABREU ZIULKOSKI
Turma 9E – MELLANY CASTILHOS RIBEIRO e MATHIAS BRUSQUE DA SILVA MAGADAN
1ª série do Ensino Médio
Turma 1A – LEONARDO LOPEZ FONSECA e SANTIAGO FERNÁNDEZ LEMES
Turma 1C – NINA FONSECA BÉRNI e CECÍLIA MIRANDA DOS SANTOS DURGANTE
Turma 1E – GEORGIA ALBA SOUZA GOMES e JOSÉ CAETANO DE MELLO PACHECO
2ª série do Ensino Médio
Turma 2A – FELÍCIA ISADORA DE CASTRO JUSTO e GUILHERME BERTUOL CHIESA
Turma 2C – SANTIAGO AUGUSTIN EICHLER ETCHICHURY e GABRIEL FERREIRA DA COSTA SALDANHA
3ª série do Ensino Médio
Turma 3A – BEATRIZ DE ABREU ZIULKOSKI e SOFIA VIRTI COUTINHO
Turma 3E – LEONARDO PAES CAMOZZATO e SOFIA PIRES AIGNER
