A Diretoria Executiva é uma equipe de trabalho constituída pelos responsáveis dos alunos do Colégio João XXIII, exercendo seus cargos de forma voluntária, sem quaisquer ônus para a escola e de forma ampla a administração da Fundação.
Os cargos de Presidente e de Vice-Presidente devem ser preenchidos por meio de eleição, sendo os candidatos integrantes do Conselho Deliberante. Já os cargos das Diretorias de Infraestrutura e Patrimônio, Jurídica, Comunicação e Financeira são indicados pelo Presidente da Fundação e homologados na reunião do Conselho Deliberante.
A eleição para Presidente e Vice-Presidente da Fundação ocorre em reunião extraordinária no mês de outubro. O mandato da Diretoria Executiva é de dois anos, que podem ser reconduzidos pelo mesmo período.
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Gestão atual – Mandato 2024-2025
A Diretoria Executiva eleita pelo Conselho Deliberante em 31 de outubro de 2023 tomou posse em janeiro de 2024. Sua atual composição integra os seguintes nomes:

Presidente
José Carlos Monteiro da Conceição

Vice-presidente
Ricardo Kuchenbecker

Diretora Financeira
Cibele Martins Almeida de Oliveira

Diretora de Infraestrutura e Patrimônio
Joice Pavek Figueiró

Diretora Jurídica
Beatriz de Lima Abrahão

Diretor de Comunicação
Valmira Félix de Mello