O Ensino Médio situa o aluno como produtor de conhecimento, promovendo o desenvolvimento de sua capacidade de investigação, de interação e de intervenção no mundo em que vive. A organização curricular proporciona ampla diversificação de estudos que estimulam a experimentação, a argumentação e a solução de problemas, entre outras habilidades e competências.
Nessa etapa conclusiva da educação básica o aluno é preparado não apenas para o prosseguimento em níveis de estudos mais complexos, mas também para a participação plena na sociedade. O João XXIII tem como principal fundamento o conceito de cidadania, a partir de uma abordagem pedagógica democrática, que preconiza a formação ética, bem como o desenvolvimento da autonomia intelectual e do pensamento crítico. Os alunos do EM participam do Projeto Universidade, que proporciona aulas especiais, testes de interesse vocacional, palestras com profissionais de diversas áreas e visitas às universidades, entre outras atividades que auxiliarão suas escolhas.